Bisogna considerare che il mestiere di perlicoltore è una professione difficile e ingrata poiché soggetta ai criteri enunciati sopra. Succede delle volte che un intero letto di molluschi venga devastato da eventi naturali. Nonostante gli allevatori si applichino per prevenire proteggendo al massimo le loro colture, il mestiere di perlicoltore è sicuramente un'attività rischiosa, poiché non basta essere bravi ma è necessaria anche la fortuna! 

Perché un allevatore possa cominciare a nucleare, gli serve avere dei molluschi "nucleabili", che significa maturi abbastanza per poter essere nucleati. Agli inizi dell'industria della perla di coltura, le ostriche venivano semplicemente raccolte in mare per approvvigionare l'allevamento. Sebbene alcuni allevatori continuino ad utilizzare questo metodo oggi, molti altri utilizzano la più moderna tecnica di allevare dalla nascita le loro proprie ostriche. Per fare questo gli allevatori raccolgono lo sperma delle ostriche, e le uova, dalle ostriche di più alta qualità già presenti negli allevamenti. Lo sperma viene utilizzato per fecondare le uova, e creare così una nuova generazione da larve di ostriche. Le larve vengono fatte galleggiare liberamente nell'acqua, pur sempre in condizioni controllate, fino a chenon hanno qualche settimana di vita. In natura, le larve si attaccherebbero agli scogli, così gli allevatori insediano dei "collettori" a cui le ostriche tenderanno ad attaccarsi seguendo il comportamento naturale. Nel giro di pochi mesi, le larve si sviluppano in neonate ostriche e vengono quindi spostate in un'area "nursery" separata dell'allevamento. Vengono tenute così per uno o due anni, fino a crescere abbastanza da poter essere nucleate.

Il processo di nucleazione è un procedimento chirurgico, con il quale un corpo estraneo viene impiantato nell'ostrica. Questo corpo estraneo provoca un'irritazione, alla quale l'ostrica contrattacca mediante secrezione di nacre,  o madreperla, per ricoprire e intrappolare l'invasore: così si produce una perla. 
Vengono utilizzati due metodi di nucleazione diversi per le perle allevate in acqua salata, Akoya, e per le perle allevate in acqua dolce.

Nucleazione delle perle Akoya

Generalmente le ostriche di acqua di mare sono nucleate usando un granello di madreperla. Dapprima il granello viene ricoperto da una piccola parte di tessuto del mantello preso da un'ostrica o mollusco "donatore". Il granello e il tessuto vengono quindi impiantati nella gonade (organo sessuale) dell'ostrica. Il granello, o nucleo, serve da modello, attorno al quale la perla si sviluppa. La perla risultante conterrà il granello al suo centro e tenderà a svilupparsi nella stessa forma del granello originale. Il granello, o nucleo, può essere scorto se si guarda la perla finale ai raggi X.

Nucleazione delle perle di Acqua Dolce

I molluschi allevati in acqua dolce sono generalmente innestati usando solamente un pezzetto di tessuto di un mollusco donatore, senza un nucleo al suo interno. Questo piccolo pezzetto di tessuto di mantello viene innestato mediante un'incisione nel mantello dell'ostrica invece che nella gonade come avviene abbiamo visto per le ostriche di mare Akoya. Entrambi i lati della valva possono recepire innesti, e in media i molluschi di acqua dolce produrranno tra 24 e 32 perle per ogni ciclo di coltura.